1990年8月，三亚市中医院经市政府批准建设。

1992年2月，三亚市中医院门诊部（4层）正式开业。

1992年8月，三亚市卫生局与山西省卫生厅联办三亚市中医院，将原有的4层楼扩建为8层。

1994年4月，海南省卫生厅同意三亚市中医院增挂“海南三晋医院”牌子。

1995年9月，三亚市中医院升格为副处级单位，并配备领导班子。

1997年11月，中共三亚市委组织部公开选拔三亚市中医院领导班子，孙公凯任院长。

2000年7月，医院领导班子进行换届选举，刘德喜被任命为三亚市中医院院长。

2003年3月，被海南省卫生厅授予“爱婴医院”牌匾。

2003年10月，被海南省卫生厅批准增挂“三亚市中西结合医院”牌子。

2005年4月，被批准为“海南医学院临床教学医院”。

2006年5月，三亚市中医院为俄罗斯别斯兰恐怖事件第一批受伤儿童进行中医康复治疗，荣获“为中俄友谊作出贡献”奖状。

2007年，我院被评为“全国卫生系统先进集体”。

2007年12月，三亚市中医院骨伤科被确定为国家中医药管理局“十一五”重点专科建设项目。

2008年，我院被批准为国家中医药管理局国际交流合作基地、对俄中医药合作协作组成员、被列为国家中医药服务贸易试点单位。

2008年2月2日，医院正式搬迁至“美丽之冠”对面。2008年3月26日，医院举行开业庆典。

2008年3月，三亚市中医院为俄罗斯别斯兰恐怖事件第二批受伤儿童进行中医康复治疗，荣获俄罗斯联邦卫生和社会发展部荣誉状。

2008年4月26日，时任中共中央政治局常委、国务院副总理的李克强同志视察三亚市中医院，鼓励我院积极发展中医药事业并扩大对外影响力。

2009年5月12日，我院与广州中医药大学及其第一附属医院举行揭牌仪式，正式成为广州中医药大学的教学医院和广州中医药大学第一附属医院的协作医院。

2009年，我院被评为“全国医药卫生系统先进集体”、“海南省中医医院先进单位”。

2009年9月5日，国家卫生部副部长、国家中医药管理局局长王国强来三亚市中医院调研中医工作。

2009年9月11日，中医中药中国行海南省三亚站活动在我院成功举办。

2009年11月和2010年1月，海南省卫生厅、三亚市人民政府批准三亚市中医院病床编制增至500张。

2010年5月10日，我院完成三亚首例断肢再植手术。

2010年5月28日，三亚市中医院与解放军总医院举行了远程医学中心开通启动仪式，正式成为解放军总医院(301医院)远程医学站点医院。

2010年11月，三亚市中医院为50名吉尔吉斯斯坦儿童进行中医康复治疗，收到中华人民共和国外交部和吉尔吉斯斯坦驻华大使馆的感谢信。

2011年，我院被评为“全国中医药文化建设先进单位”。

2011年1月4日上午，三亚市中医院与南方医科大学举行揭牌仪式，正式成为南方医科大学教学医院。

2011年6月，三亚市中医院被广州中医药大学确定为广州中医药大学附属医院。

2011年7月，三亚市中医院总编制数被三亚市机构编制委员会批准为635名。

2011年9月，三亚市中医院举行二期工程住院大楼开业典礼暨广州中医药大学附属医院和广东省中医院协作医院揭牌仪式。

2011年11月，三亚市中医院得到海南省旅游发展委员会的特批，在三亚市中医院名下设立三亚欣欣荣中医疗养国际旅行社。

2012年，我院被评为“海南省文明单位”并通过国家中医药管理局三级甲等中医医院的评审。

2012年2月13日，三亚欣欣荣中医疗养旅行社在三亚市中医院举行开业庆典。

2012年3月，三亚市中医院被海南省卫生厅批准为三级中医医院。

2012年5月，三亚市中医院三期工程国际友好中医疗养院正式开工建设。

2012年5月17日，三亚市中医院骨伤科被正式确定为国家中医药管理局“十一五”重点专科。

2012年8月13日，三亚市中医院脾胃病科被确定为2012年国家临床重点专科（中医专业），财政部、国家中医药管理局下达建设项目补助资金300万元。

2012年8月24日，三亚市中医院顺利完成国家中医药管理三级中医医院等级评审工作。

2013年1月，三亚市中医院被国家中医药管理局正式批准为三级甲等中医医院。

2013年1月28日，三亚市中医院举行三级甲等中医医院揭牌仪式。

2013年11月，瑞典、挪威、丹麦代表团到我院参观学习。

2014年4月10日，我院为吉斯斯坦前总理萨特巴尔季耶夫夫妇做疗养保健。

2014年5月22日，塔吉克斯坦共和国驻华大使馆就我院“亚信会”期间为塔吉克斯坦总统开展的医疗保障工作发来感谢信。

2014年4月，收到吉尔吉斯斯坦前总理萨特巴尔季耶夫·冉托罗致我院感谢信。

2014年11月24日，我院与瑞典碧云学院合作签字仪式。

2014年，我院被纳入国家首批中医药服务贸易先行先试骨干企业（机构）。

2014年，我院被评为全国“首届中医药科技推广工作先进集体”。

2014年，我院被海南省委、省人民政府授予海南省文明单位。

2014年，我院荣获“中国医疗机构公信力百家示范三甲医院”荣誉称号。